חשיבות יצירת הסינרגיה בארגונים גדולים רבה מאוד, שכן יש בהם פחות קשרים ישירים ואינטימיים. ארגון גדול נדרש היום להיות קרוב ללקוח (ביזור) אך יעיל (ריכוז) עקב התחרות הגלובאלית. הסיוע של מרכז סינרגיה לארגונים גדולים בא לידי ביטוי הן בתהליכי פיתוח והכשרות להנהלות, מנהלים ועתודות ניהוליות והן בתהליכים ממוקדים לשיפור הממשקים עם לקוחות, ספקים, ובין מחלקות ארגוניות שהממשקים ביניהם קריטיים לחיי הארגון ולדוגמה: מטה – שטח; מכירות – שיווק; מכירות – ייצור; פיתוח-שיווק וכו’.
ד”ר רמי בן-ישי, פיתח בעבודת הדוקטורט שלו מודל יחודי לפיתוח סינרגיה בדרגי ביצוע עצמאיים בארגון. מודל זה חדשני בהסתכלות שלו על הירארכיה (סדר בין רכיבי הארגון – שאינו בהכרח לינארי) ועל אופן הניהול של גופי ביצוע עצמאיים בארגון, כך שיהיו קרובים ללקוח מחד, אך שהעצמאות שלהם לא תפגע בארגון השלם מאידך. מאז פיתוח המודל לפני כ-25 שנה, הוא משמש בסיס לדרך של מרכז סינרגיה לעבוד עם ארגונים גדולים כגון: בנק הפועלים, בנק דיסקונט, קונצרן ארגמן, לשכת התאגידים בעירית תל-אביב, צה”ל, משרד הביטחון, שירותי בריאות כללית, נשות הדסה, ממן, מערכת החינוך, משרד הרווחה, משרד התמ”ת, משרד התיירות ועוד.